Politeknik Pertanian Negeri Kupang sampai dengan saat ini telah menyelenggarakan program Diploma III dan Diploma IV yang meliputi:

Program Diploma III

1. Program Studi Produksi Ternak pada Jurusan Peternakan
2. Program Studi Kesehatan Hewan pada Jurusan Peternakan
3. Program Studi Tanaman Pangan dan Hortikultura pada Jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura
4. Program Studi Teknologi Pangan pada Jurusan Tanaman Pangan Dan Hortikultura
5. Program Studi Manajemen Pertanian Lahan Kering pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering
6. Program Studi Manajemen Agribisnis pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering
7. Program Studi Manajemen Sumber Daya Hutan pada Jurusan Kehutanan
8. Program Studi Teknologi Budidaya Perikanan pada Jurusan Perikanan dan Kelautan

Program Diploma IV

1. Program Studi Teknologi Industri Hortikultura pada Jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura
2. Program Studi Teknologi Pakan Ternak pada Jurusan Peternakan
3. Program Studi Penyuluhan Pertanian Lahan Kering pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering
4. Program Studi Pengolahan Hutan pada Jurusan Kehutanan
5. Program Studi Agribisnis Perikanan pada Jurusan Perikanan dan Kelautan
6. Program Studi Teknologi Rekayasa Pangan pada Jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura