Politeknik Pertanian Negeri Kupang sampai dengan saat ini telah menyelenggarakan program Diploma III dan Diploma IV yang meliputi:
Program Diploma III
- Program Studi Produksi Ternak pada Jurusan Peternakan
- Program Studi Kesehatan Hewan pada Jurusan Peternakan
- Program Studi Tanaman Pangan dan Hortikultura pada Jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura
- Program Studi Teknologi Pangan pada Jurusan Tanaman Pangan Dan Hortikultura
- Program Studi Manajemen Pertanian Lahan Kering pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering
- Program Studi Manajemen Agribisnis pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering
- Program Studi Manajemen Sumber Daya Hutan pada Jurusan Kehutanan
- Program Studi Teknologi Budidaya Perikanan pada Jurusan Perikanan dan Kelautan
Program Diploma IV
- Program Studi Teknologi Industri Hortikultura pada Jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura
- Program Studi Teknologi Pakan Ternak pada Jurusan Peternakan
- Program Studi Penyuluhan Pertanian Lahan Kering pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering
- Program Studi Pengolahan Hutan pada Jurusan Kehutanan
- Program Studi Agribisnis Perikanan pada Jurusan Perikanan dan Kelautan
- Program Studi Teknologi Rekayasa Pangan pada Jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura