Sebagai Perguruan Tinggi, Politeknik Pertanian Negeri Kupang menyelenggarakan program pendidikan tinggi  vokasi untuk menghasilkan terampil dan profesional. Adapun jenjang program pendidikan yang diselenggarakan saat ini terdiri atas:

1. Program Diploma I Diarahkan pada hasil Lulusan menguasai kemampuan dalam melaksanakan pekerjaan yang bersifat atau memecahkan masalah yang sudah akrap sifat-sifat maupun kontekstualnya. 
2. Program Diploma II Diarahkan pada hasil Lulusan yang menguasai kemampuan dalam melaksanakan pekerjaan yang bersifat rutin atau memecahkan masalah yang sudah akrap sifat-sifat kontekstualnya secara mendiri dalam bentuk pelaksanaan maupun tanggung jawab pekerjaannya. 
3. Program Diploma III Diarahkan pada hasil Lulusan yang menguasai kemampuan dalam bidang kerja baik yang bersifat rutin maupun yang belum akrap sifat-sifat maupun kontekstualnya secara mandiri baik dalam bentuk pelaksanaan maupun tanggung jawab pekerjaannya secara mampu melaksanakan pengawasan dan bimbingan atas dasar ketrampilan manajerial yang dimilikinya. 
4. Program Diploma IV Diarahkan pada hasil Lulusan yang menguasai kemampuan dalam melaksanakan pekerjaan yang kompleks dengan dasar kemampuan profesional tertentu termasuk merencanakan, melaksanakan kegiatan, memecahkan masalah dengan tanggung jawab mandiri pada tingkat tertentu, memiliki ketrampilan manajerial, serta mampu mengikuti perkembangan pengetahuan dan teknologi didalam bidang keahliannya.