Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM), adalah organisasi intra di tingkat Politeknik Pertanian yang mempunyai fungsi sebagai sarana dan wadah untuk mahasiswa dapat melaksanakan berbagai kegiatan yang meliputi:
- Penalaran dan keprofesian
- Minat dan kegemaran
- Upaya perbaikan kesejahteraan mahasiswa
- Bakti sosial bagi masyarakat
- Pembinaan dan pengembangan jatidiri mahasiswa sebagai insan akademis yang dituntut memiliki keahlian untuk berkarya secara profesional bagi kepentingan bangsa dan negara
- dan kegiatan lain sesuai kebutuhan dan aspirasi mahasiswa.
Pengurus Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) Politeknik Pertanian Negeri Kupang Periode Tahun 2019/2020
| Pelindung/Penasehat | : | Direktur (Ir. Thomas Lapenangga, MS) |
| Penanggung Jawab | : | Wakil Direktur III (Ir. Agustinus Semang, M.Si) |
| Ketua | : | Abraham Sandi Kalla |
| Wakil Ketua | : | Damasus Philipus Nimanuho |
| Sekretaris | : | Theodoris Herodion Hello |
| Bendahara | : | Novi Lani Rosita Lelangulu |
| 1. Bidang Penalaran | ||
| Koordinator | : | Suaib Kene |
| Anggota | : | 1. Yonisius Gido |
| 2. Dionisius Wake | ||
| 3. Gregorius Wagang Susanto | ||
| Pembina | : | Dosen |
| 2. Bidang Minat dan Bakat | ||
| Koordinator | : | Roberto Arkalaus Alomau |
| Anggota | : | 1. Abia Maniko |
| 2. Samuel Yonatan Aanggula | ||
| 3. Rifantri Asari | ||
| Pembina | : | Dosen |
| 3. Bidang Kerohanian | ||
| Koordinator | : | Jufron Ronardo Monte Tois |
| Anggota | : | 1. Mada Tirhana Estanu |
| 2. Helena E. Kening Makin | ||
| 3. Serly Marselina Kadek | ||
| Pembina | : | Dosen |
| 4. Bidang Pengabdian Masyarakat | ||
| Koordinator | : | Jems Pikel Awengkari |
| Anggota | : | 1. Katarina Helda Wona |
| 2. Defri Selan | ||
| 3. Michael Matias Tande | ||
| Pembina | : | Dosen |
| 5. Bidang Kesejahteraan | ||
| Koordinator | : | Laurensius Seran |
| Anggota | : | 1. Marten Lalang |
| 2. Desman lanmay | ||
| 3. Fridon A. Nait'ek | ||
| Pembina | : | Dosen |